El programa trAndeS se desarrolló en dos fases, la primera entre 2016 y 2020, y la segunda de 2021 a 2025. Su implementación fue posible gracias a la articulación de diversas áreas institucionales que garantizaron tanto la gestión académica como administrativa.
trAndeS se gobernó a través de un Comité Ejecutivo binacional integrado por Gerardo Damonte (PUCP), Narda Henríquez (PUCP), José Carlos Orihuela (PUCP), Ana Sabogal Dunin (PUCP), Marianne Braig (FU Berlin), Barbara Fritz (FU Berlin), Bettina Schorr (FU Berlin) y Brigitta Schütt (FU Berlin). Este Comité tomó decisiones estratégicas y estuvo a cargo de la supervisión de la calidad del programa. El trabajo fue acompañado, además, por un grupo consultivo encargado de contribuir al fortalecimiento estratégico y académico del proyecto, conformado por Aldo Panfichi (PUCP) y Verena Blechinger-Talcott (FU Berlin).
La Dirección Binacional, ejercida por Bettina Schorr (FU Berlin) y Gerardo Damonte (PUCP), coordinó las acciones operativas entre las instituciones socias, mientras que las oficinas del programa, lideradas por Muriel Órtiz (PUCP) y Frauke Berg (FU Berlin), garantizaron la gestión administrativa y el soporte cotidiano necesarios para su funcionamiento.
En total, ocho programas de maestría y tres programas de doctorado del Departamento de Ciencias Sociales de la PUCP participaron en trAndeS y fueron elegibles para la certificación y las becas del programa.
trAndeS desarrollo su agenda de trabajo en tres pilares: Formación (maestría y doctorado), Investigación y la Red trAndeS.
En total, ocho programas de maestría y tres programas de doctorado del Departamento de Ciencias Sociales de la PUCP participaron en trAndeS y fueron elegibles para la certificación y las becas del programa.